Fundada por los franciscanos en el siglo XVI, era inicialmente conocida como la Cofradía de la Vera Cruz.

Tiene su sede en la Iglesia de Santa Marina, que fue antiguamente hospital de agudos de Jesús Nazareno, fundado por los hermanos Marichica en 1711. Cuenta con una hermosa puerta enrejada que da acceso al antiguo hospital y desde la que se puede contemplar un patio claustrado en columnas y capiteles que configuran sencillos arcos de medio punto. El suelo se compone de azulejería ajedrezada y el techo es de travesaños de viguería. Actualmente goza de un gran esplendor, pero su desarrollo ha ido paralelo a los momentos de duda sobre la celebración de la Semana Santa, pues, al ser sus orígenes humildes, siempre ha sufrido como ninguna otra cofradía los periodos de crisis.

La primera crisis de esta cofradía se produjo en el último tercio del siglo XVIII, lo que llevó a su suspensión aproximadamente en el año 1780. La participación popular en la Semana Santa se desborda en estas fechas, por lo que las autoridades se ven en la necesidad de intervenir. A principios del siglo XVIII esta cofradía celebraba grandes fiestas el 3 de mayo, con la participación de todo el pueblo. Entre estos fastos, los más importantes eran los de moros y cristianos. Era tal el volumen de personas que asistían a la celebración, que el Ayuntamiento tuvo que tomar serias medidas para garantizar el orden público. Así, en 1725 el corregidor de la villa dictó un bando en el que se limitaba algunas cuestiones en la festividad.

Sería ya en 1769 cuando Carlos III, por petición del obispo de Córdoba, ordena para evitar los abusos que no se celebre ninguna procesión de noche. Algunas de estas medidas pudieron provocar hacia 1780 la suspensión.

Hasta el año 1813 no se produjo la reestructuración de la cofradía, cuando el día 23 de marzo de este año varios baenenses solicitaron al obispo de Córdoba la licencia para reiniciar el desfile procesional con las imágenes de Nuestro Padre Jesús del Prendimiento, María Santísima de la Soledad, Cristo de la Humildad, San Juan y San Pedro.

Pero la historia, reincidente en sus errores, volvió a asestar un nuevo golpe a la cofradía en el año 1936, cuando todas las imágenes que procesionaban ardieron en la iglesia de Santa Marina en pleno inicio del conflicto civil, entre ellas la famosa de San Pedro en el paso del arrepentimiento, una de las mejores esculturas de la imaginería baenense que se atribuía a Juan de Mena, según algunos investigadores, y a Alonso Cano, según otros.

Hasta los inicios de los años cuarenta no comenzaría a recuperarse la cofradía. Así, la elaboración de nuevas imágenes se fue realizando a medida que las condiciones económicas lo permitieron.

La procesión del Jueves Santo por la noche tiene en sus inicios uno de sus elementos más emotivos de la Semana Santa Baenenese a los pies del castillo de Baena; se trata del abrazo de los apóstoles y el prendimiento de Jesús.

La hermandad de San Pedro representa el emotivo abrazo de los apóstoles, momentos antes del prendimiento de Jesús. En una escenificación que se celebra en la ciudad árabe, conocida como Almedina, los discípulos de Jesús dramatizan uno de los actos más emotivos de la Pasión de Cristo.

Uno a uno, los doce apóstoles muestran su amor hacia el vínculo, el Maestro, que les ha unido. El silencio de la multitud de personas que se concentran en la puerta del antiguo hospital de Nuestro Padre Jesús Nazareno y a las faldas del castillo se rompe cuando llega Judas para proceder a vender a Jesús del Prendimiento a los judíos, representado por el cuadrillero de los sayones.

En auto sacramental recuperado de la riqueza protocolaria de la Semana Santa baenense, los grandes protagonistas de la celebración, los judíos, en esta ocasión coliblancos, asumen el protagonismo cuando se consuma la venta de Cristo al apresar raudos a Jesús.